Tijdens zijn aanstelling als Rewilding directeur implementeerde hij sinds 1989 honderden initiatieven om stukken land 'terug te geven' aan de natuur. Eerst in Nederland en daarna ook in andere delen van Europa. Hij zette de campagnes Climate adaptation in natural buffer zones en Missing Lynx op om aandacht te vragen voor missende connecties in natuurbehoud.

Helmer is co-auteur van een aantal publicaties met betrekking tot natuurbehoud waaronder Living Riversen Growing with the Sea en hij ontwikkelde verscheidene nieuwe concepten voor natuurbehoud en natuurbeleid zoals 'natural grazing', 'cyclic rejuvenation of floodplains' en 'landscape auctions'. Hij bracht deze concepten in de praktijk bij projecten in de Gelderse Poort, de grensmaas, diverse kustgebieden in Nederland en projecten in Letland (Letlands) en Bulgarije (New Thracian Gold). Hij bestudeerde ecosystemen in Thracië waarna er een voorstel werd ingediend bij de Raad van Europa voor het beschermen van een biogenetisch reservaat in het noorden van Griekenland.

Helmer is erelector Bos en Natuurbeheer bij de Van Hall Larenstein University of Applied Sciences, die deel uitmaakt van de Wageningen Universiteit.

Hij won verscheidene Nederlandse natuurbehoudsprijzen.